A história foca-se primariamente na heroína Rin Tohsaka. Após a morte de seu pai, Rin entra na Guerra do Santo Graal somente para honrar a herança da prestigiada Casa Tohsaka ao lado de seu servo, o Arqueiro. Brevemente, no entanto, ela descobre que Shirou Emiya, um menino de seus tempos de Ensino Fundamental, também se envolveu nas batalhas e então o salva, inesperadamente, em momento de injúria fatal. Sem delongas, Rin parte para pôr fim às conspirações que cercam a Guerra do Santo Graal ao lado de Shirou e seu servo, a Sabre. Deste modo a história começa a explorar a verdade por trás dos poderes de Shirou e da natureza de sua vontade inexorável de se tornar um herói.